$input = "beagle";
$input = $ARGV[0];
chomp($input);
$infile = $ARGV[1];
chomp($input);
open(BUFF,"$infile") or die "no file exists\n";
if($input eq "beagle")
{
	$line = <BUFF>;
}
while(<BUFF>)
{
	chomp($_);
	@array = split(" ",$_);
	if($input ne "beagle")
	{
		shift(@array);
	}
	$snp = shift(@array);
	if($input ne "beagle")
        {
               $pos=shift(@array);
        }

	print "8 $snp 0 $pos";
	$gnt1 = shift(@array);
	$gnt2 = shift(@array);	
	for($i=0;$i<@array;$i++)
	{
		$val1 = $array[$i];
		$i++;
		$val2 = $array[$i];
		$i++;
		$val3 = $array[$i];
		#die "$val1 $val2 $val3 ";
		if($val1 > 0.5)
		{
			print " $gnt1 $gnt1";
		}
		elsif($val2 > 0.5)
		{
			print " $gnt1 $gnt2";
		}	
		elsif($val3 >0.5)
		{
			print " $gnt2 $gnt2";
		}
		else
		{
			print " 0 0";
		}
	}
	print "\n";	
}
